زادروز
سید علی خامنهای در سال ۱۳۱۸ در مشهد به دنیا آمدهاست. در شناسنامه، تاریخ تولد وی ۲۴ تیرماه ۱۳۱۸ ثبت شدهاست که با ۱۶ژوئیهٔ ۱۹۳۹ برابر است، اما خود زادروز صحیحش را در فروردین ماه میداند.
خانواده
پدر سید علی خامنهای، سید جواد و پدربزرگ پدریش سید حسین از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و نیایش اهل تفرش که به آذربایجان هجرت کردهبود.مادرش خدیجه میردامادی که متولد سال ۱۲۹۱ بود در سال ۱۳۶۸، تنها دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. وی دربارهٔ مادرش چنین گفتهاست: «مادرم خانمی بود بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظشناس –البته نه به معنای علمی، بلکه به معنای مأنوس بودن با دیوان حافظ–، با قرآن کاملاً آشنا بود». او دختر آیتالله هاشم میردامادی بود که اصالتاً اصفهانی و مقیم مشهد بود.
پدر بزرگ مادری رهبر ایران، زاده و بزرگشدهٔ نجف و دانشآموختهٔ حوزهٔ علمیهٔ نجف البته از سادات میردامادی اصفهانی و مشخصاً نجفآبادی بود. او حدوداً در ۴۰ سالگی به ایران مهاجرت کرد و در مشهد به تبلیغات مذهبی و تحصیل و تدریس و نوشتن کتابهای اسلامی مشغول بود. او در زمان کشف حجاب در حکومت رضاشاه در مسجد گوهرشاد مشهد مبارزاتی کرد و پس از مخالفت با این طرح به سمنان تبعید شد و در مسجد جامع گوهرشاد سالیان بسیار امام جماعت بود و تفسیر قرآن میکرد و کتاب تفسیر قرآن خلاصةالبیان را نوشت.شوهرعمهاش شیخ محمد خیابانی بود.
سید علی خامنهای متأهل و دارای ۶ فرزند است. همسر وی منصوره خجسته باقرزاده نام دارد. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی ،مجتبی، مسعود (محسن) و میثم است.بشری همسر محمدجواد گلپایگانی فرزندمحمدی گلپایگانی رئیسدفتر رهبری است. هدی، همسر مصباحالهدی باقری کنی فرزند محمدباقر باقری کنی است. مجتبی با دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کردهاست.مصطفی با دختر عزیزالله خوشوقت ازدواج کردهاست و مسعود نیز با فرزند محسن خرازی و خواهر صادق خرازی. میثم داماد محمود لولاچیان از بازاریان مذهبی تهران است.
سید محمد برادر بزرگتر او، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بوده و در حال حاضر ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد. برادر کوچکترش سیدهادی نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است، که در سال ۱۳۷۹روزنامهٔ حیات نو را منتشر کرد که بعداً به دستور دادگاه ویژهٔ روحانیت توقیف شد. یکی از خواهران وی به نام بدری همسر شیخ علی تهرانی بود. علی تهرانی روحانی فعّال در دوران انقلاب بود که به مجاهدین خلق گرایید و به عراقپناهنده گشت. او در سال ۱۳۷۴ به همراه خانوادهاش به ایران بازگشت. بدری در ایران درگذشت. برادر کوچکتر او، سید حسن، مسئول هیئتهای رسیدگی به تخلفات اداری وزارت نفت و نمایندهٔ وزیر نفت در این هیئت، و عضو شورای پروانه نمایش است.سیده فاطمه حسینی خامنهای، خواهر دیگر او در ۱ فروردین ۱۳۹۴ در سن ۸۹ سالگی در تهران درگذشت.
دوران کودکی و تحصیل
او از دوران کودکی در خانوادهای فقیر پرورش یافت و از چهار سالگی به همراه برادر بزرگش سید محمد به مکتبخانه و پس از مدتی به دبستانی اسلامی به نام دارالتعلیم دیانتی رفت و تحصیلش را تا اخذ مدرک دیپلم ادامه داد. در دورهٔ دبیرستان، خواندن جامع المقدمات و صرف و نحو را آغاز کرد. سپس از مدرسهٔ جدید وارد حوزهٔ علمیهٔ مشهد شد و نزد پدر و دیگر استادان وقت ادبیات و مقدمات را خواند.
وی کتب ادبی از قبیل جامع المقدمات، سیوطی، مغنی را نزد مدرّسان مدرسهٔ سلیمان خان و نوّاب خواند. پدر نیز بر درس فرزندانش نظارت میکرد. کتاب معالم را نیز در همان دوره خواند. سپس شرایع الاسلام و شرح لمعه را مشترکاً نزد پدر و آقا میرزا مدرس یزدی آموخت و رسائل و مکاسب را در حضور شیخ هاشم قزوینی. بقیهٔ دروس سطح فقه و اصول را نزد خود پدر خواند و دورهٔ مقدمات و سطح را در پنج سال و نیم به اتمام رساند.
در زمینهٔ منطق و فلسفه، کتاب منظومهٔ سبزواری را ابتدا از جواد آقا تهرانی و بعدها نزد شیخ رضا ایسی خواند.
همچنین آیتالله خامنهای در سال ۱۳۸۸ پیشنهاد اخذ مدرک دکترای افتخاری را که از طرف اساتید و رئیس دانشگاه تهران مطرح شد را رد کرد و گفت:
این مسئله و ابراز محبت دانشگاهیان برای بنده افتخار است اما از پذیرش آن معذورم و اگر خدای کریم کمک کند به همان میثاق طلبگی متعهد و پایبند خواهم بود.
تحصیلات حوزوی
سید علی خامنهای از سن هجدهسالگی در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد آیتالله میلانی از مراجع وقت آغاز کرد. در سال ۱۳۳۶ به قصد زیارت عازم نجف شد. در مدت اقامت کوتاه خود از دروس سید محسن حکیم و ابوالقاسم خویی و سید محمود شاهرودی بهره برد. او با مشاهدهٔ وضعیت تحقیق و تدریس در نجف تصمیم به تحصیل در آن شهر گرفت، ولی به دلیل مخالفت پدر پس از هفت ماه به ایران بازگشت.
پس از آن از سال ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ در حوزهٔ علمیهٔ قم به تحصیلات عالی در فقه و اصول و فلسفه مشغول شد. او سر درس آیتالله بروجردی و مرتضی حائری یزدی و علامه طباطبایی حاضر شد و نیز پای درس فقه و اصول سید روحالله خمینیشرکت کرد.
در سال ۱۳۴۳ یک چشم پدرش براثر بیماری آب مروارید نابینا شد. پس از آن بهرغم علاقهاش به تحصیل در قم، برای مراقبت از پدر به مشهد بازگشت و تا سال ۱۳۴۷ همانجا درسآموزی خود را با شرکت در دروس استادانی چون آیتالله میلانیادامه داد. در کنار آن به کتابهای فقه و اصول و معارف دینی به طلاب و دانشجویان میآموخت.
به نوشته آبراهامیان، بعد از برگزیده شدن حجتالاسلام سیدعلی خامنهای به عنوان رهبر ایران، رسانههای حکومتی، او و همکارش حجتالاسلام علی اکبر هاشمی رفسنجانی را به عنوان آیتالله معرفی کردند.
فعالیتهای انقلابی
سیدعلی خامنهای خود را «از شاگردان فقهی، اصولی، سیاسی، انقلابی سید روحالله خمینی» میداند. البته به گفتهٔ خودش نخستین جرقههای انقلابی و مبارزاتی با نظام پهلوی را سید مجتبی نواب صفوی در ذهن او زدهاست:
همان وقت جرقههای انگیزش انقلاب اسلامی به وسیله نوّاب صفوی در من به وجود آمد و هیچ شکی ندارم که اولین آتش را مرحوم نوّاب در دل ما روشن کرد.
در سال ۱۳۳۱ هنگامی که نوّاب صفوی با عدّهای از فدائیان اسلام به مشهد رفتهبود و در مدرسهٔ سلیمان خان، سخنرانیای پرهیجان کرد در موضوع احیای اسلام و حاکمیت احکام الهی، مخالفت با شاه و انگلیس و ادعای دروغگویی آنان به ملت ایران، سید علی یکی از طلبههای جوان همان مدرسه بودهاست.
نخستین دستگیریها (ایام ۱۵ خرداد)
وی را در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ (۹ محرم) دستگیر کردند و یک شب بازداشت بود. فردای آن روز به شرط اینکه منبر نرود و تحت نظر باشد، آزاد شد.
با پیش آمدن حادثهٔ خونین قیام ۱۵ خرداد، بازهم او را از بیرجند به مشهد آورده تحویل بازداشتگاه نظامی دادند و ۱۰ روز آنجا زندانیش کردند.